Komórki bakterii charakteryzują się pewnym wspólnym planem budowy, co ma zasadnicze znaczenie zwłaszcza w kontekście leczenia chorób zakaźnych. Różnice pomiędzy komórkami prokariotycznymi, a eukariotycznymi mogą więc prowadzić do opracowania strategii terapeutycznych, które przy minimalnym złym wpływie na organizm ssaka będą wywierać silny wpływ na bakterie. Nic więc dziwnego, że poznanie budowy poszczególnych struktur bakterii jest niezwykle istotne z medycznego punktu widzenia, z drugiej zaś strony jest także ciekawe, jeśli chodzi o czysto poznawczy punkt widzenia.
Każda komórka bakteryjna składa się z następujących elementów:
ściany komórkowej, która otacza komórkę i pozwala na przeżycie bakterii w środowisku o innym ciśnieniu osmotycznym, niż wnętrze komórki bakteryjnej
błony komórkowej, która ma charakter błony półprzepuszczalnej i bierze udział w transporcie substancji do wnętrza komórki, tudzież w wydzielaniu innych związków na zewnątrz
cytoplazmy, wypełniającej komórkę, która jednak ma inną strukturę niż cytoplazma Eucaryota
rybosomów, biorących oczywiście udział w produkcji białek, które także różnią się od rybosomów komórek eukariotycznych
nukleoidu, czyli chromosomu bakteryjnego, niosącego materiał genetyczny
różnych inkluzji cytoplazmatycznych, którymi są np. materiały zapasowe
Poza tymi "typowymi" elementami komórek bakterii, w zależności od gatunku, czy też przynależności systematycznej, możliwe jest występowanie następujących "dodatków":
rzęsek, które umożliwiają ruch
otoczek i śluzów, ochraniających komórkę od zewnątrz
błony zewnętrznej, czyli dodatkowej błony, powlekającej ścianę komórkową u bakterii gramujemnych
plazmidów, stanowiących koliste cząsteczki DNA, niosące dodatkową informację genetyczną